当年那场惨烈的芝加哥大战，汽车人虽然成功击退了霸天虎的入侵，却也让地球人对他们失去了应有的信任与尊重。由美国中情局组建的“墓风”部队对所有的变形金刚进行无差别的猎杀，一时间汽车人和霸天虎全都在地球不见了踪影。某天，居住在得州的落魄机械发明家凯德·伊格买回来一辆破旧的卡车车头，谁知那竟是处在休眠中的汽车人首领擎天柱。嗅到气息的墓风部队蜂拥而至，苏醒后的擎天柱救走了凯德一家，也和散落在各个角落的汽车人相继取得联系。另一方面，疯狂的人类科学家从变形金刚的残骸中获知了他们变形的秘密，并企图借此制造出人造金刚，而脱

汽车人和霸天虎连年不断的战争，给地球带来了莫大的伤害。为此，地球各国联合成立反应部队，针对变形金刚无论正邪一律绞杀。与擎天柱交往甚密的地球人凯德•伊格尔不顾身边人的反对和政府的压力，以一己之力为大黄蜂、钢锁等汽车人提供庇护场所，期间他无意得到一枚徽章，从而将危机引向自身。失踪的擎天柱飘回赛博坦，被变形金刚的创造者昆塔沙捕获并黑化，命令他返回地球寻找至高无上的权杖，毁灭地球，复兴赛博坦。与此同时，威震天和地球政府达成协议，彼此联合追寻凯德及其盟友的踪迹，其目标同样是曾属于魔法师梅林的权杖。　　地球真正的危机

建文年间，不动峰的长老，周三绝指使周从筠偷窃武林至宝擎天印，嫁祸给“邪教”九千阁。九千阁宗主隋元宁是个草莽侠客，他掌管的九千阁千术卓绝，推崇蛊毒，行事独来独往。届时江湖上有四个行事诡异、剑走偏锋的“妖女”，其中三位正是九千阁的琴女、毒女和蛊女，最后一位行踪神秘，人称“罗刹仙子”周从筠。在追查擎天印被盗案期间，隋元宁屡次与周从筠暗斗明争，结果两人棋逢对手，竟互生好感。周从筠在生父和隋元宁相斗时从中阻挠，她救了隋元宁，却被周三绝误杀，香消玉殒。周三绝苦心经营毁于一旦，身败名裂，独女身亡，在多重打击下失心发疯。