当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时，约翰•哈蒙德曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后，索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇，他重新找到马科姆博士，邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸，他断然拒绝哈蒙德的提议，但当得知女友莎拉已前往小岛之时，只得跟随探险队整装出发。

约翰·哈蒙德博士在进行恐龙研究过程中发现一只吸了恐龙血，藏在树脂化石中的蚊子。他从恐龙血中提取出DNA，复制出恐龙，并建成一个恐龙“侏罗纪公园”。没想到的是，公园发生意外事故后又遭人破坏，造成灾难性局面。科学家艾伦和埃莉及来到公园的其他幸存者终于逃出险恶的侏罗纪公园。

新上任的动物行为学家欧文和公园运营副经理克莱尔正在努布拉岛上一起解决侏罗纪公里发生的各种棘手的麻烦。恐龙的出逃，公园不断的扩建，遍布公园的游客，阴晴不定的热带气候，还有一个冲动的老板，都令他们头痛不已！一名神秘破坏者的出现似乎与传说中的宝藏有某种联系。公园里到底会因此发生什么样的危险呢？