一个拥有权力的外侨克科尔(JAVKOR)将成为纽约最大的非法外侨交易商。MiB正在接近他，但是Javkor有一个秘密武器，一个名叫维罗尼亚的性感外星人。她引诱了帕格狗弗兰克，这样他就能把贾维尼的一伙人带进米布安全的金库，那里保存着银河系中最强大的武器。弗兰克为维罗尼亚而努力，因为她把他当作弓弦。与此同时，MiB似乎是骗局背后的一步，不知道弗兰克正在出卖他们……还是他们?弗兰克最终把坏人偷偷溜进了MiB的地下室，但是凯和杰在里面等着，他早就想出了Javkor的计划。Javkor、Veronica和其他的外星

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K的搭档。J应对的第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击。