前联邦犯罪调查科负责人西菲尔特被指派建立一个有特种部队精英队员组成的特别行动小组来对抗邪恶势力。这个秘密组织以日心说的创立人哥白尼命名。对于这个组织来说，正义才是宇宙的中心。克里斯、安迪和桑德拉有着过人的本领和机敏的头脑，因而成了最理想的人选。除此之外，几个拥有特异功能的朋友也会助他们一臂之力。他们的总部是一个叫做神秘公园的地方，一切就绪，行动马上开始！

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南（高山みなみ 配音）等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修